MEIN HERZ TANZT ist die Geschichte von Eyad (Tawfeek Barhom), der als bislang erster und einziger Palästinenser an einer Elite-Schule in Jerusalem angenommen wird. Eyad ist sehr bemüht, sich seinen jüdischen Mitschülern und der israelischen Gesellschaft anzupassen – er möchte dazugehören. Und dann ist da Yonatan (Michael Moshonov), er sitzt im Rollstuhl, ein Außenseiter wie Eyad. Schon bald entsteht zwischen den beiden eine ganz besondere Freundschaft.
Sein Leben in Jerusalem nimmt eine Wendung, als sich die schöne Naomi (Danielle Kitzis) in Eyad verliebt. Eine Liebe, die gegenüber Familie und Freunden geheim bleiben muss. Naomi möchte gegen alle Widerstände zu Eyad stehen, und auch Eyad ist bereit, alles für Naomi zu tun. Auf seiner Suche nach Zugehörigkeit muss Eyad schließlich erkennen, dass er eine Entscheidung fällen muss, die sein Leben für immer verändern wird.